1. Керівництво
2. Управління безпечності харчових продуктів та ветеринарної медицини
3. Управління фітосанітарної безпеки
4. Управління державного нагляду за дотриманням санітарного законодавства
5. Управління захисту прав споживачів та контролю за регульованими цінами
6. Управління економіки, бухгалтерського обліку та звітності
7. Управління роботи з персоналом
8. Управління організаційно-господарського забезпечення
9. Відділ правового забезпечення
10. Відділ реєстрації сільськогосподарської техніки
11. Сектор внутрішнього аудиту
12. Сектор з питань запобігання та виявлення корупції
13. Сектор підтримки користувачів та інженерної інфраструктури
14. Кременецьке районне управління
15. Тернопільське районне управління
16. Чортківське районне управління